"　　魔界树篇　　自和黑暗帝国一战后，本应已死的月野兔、水野亚美、火野丽、木野真琴、爱野美奈子和地场卫，在银水晶的帮助下复活，不过他们已经丧失过去作战时的记忆，重新开始平凡的生活。某夜，神秘的大洞出现在十番街，外星人岩和安带着魔界树来到地球，并以兄妹银河星十郎、银河夏美的身份入读十番中

　　小兔她们现在已经升上初三了，战士们为了考上高中，组织了一个读书会，一起到小丽家中温习。素来有灵力的小丽做了一个怪梦，梦见救世主出现，世界毁灭，令她很担心。新的敌人死亡变种开始利用心魔，四处找寻拥有“纯真之心”的人，而那颗纯真之心即是塔利斯曼，集齐三粒塔利斯曼，传说中拥有极强大力量的圣杯就会出现。

　　故事简介:　　有一晚，豆钉兔在梦中来到一个森林，在森林中的湖上，她见到纯白色、有角和翼的独角天马。日全蚀的那一天，一座神秘的马戏团从天而降。之后不久，一班专门袭击拥有美丽梦想的敌人出现了，他们是阿玛逊三重奏 -- 老虎眼、秃鹰眼、美鱼眼。敌人的目的是要找寻躲藏在某人美丽梦想之内的独角天马。因为圣

　　黑暗女王复活篇　　阿兔她们已经升上高中了，阿兔、亚美、真琴、美奈子同考入十番高中。被封印在镜中的死亡月亮纳美妮亚女王，被一把神秘的声音唤醒，那人替她解除封印，并煽动她的仇恨情绪，使她对美少女战士作出报复。她派出镜之舞孃袭击战士们，并藉流星雨把镜之碎片植入阿卫的身体内，慢慢控制阿卫。为了应付此一危

　　故事主要回忆太阳系内部战士以及Sailor Moon的觉醒背景。

　　深夜三时正，睡梦中的小朋友被一阵笛声吸引，起来走到屋外，边唱著"三时之妖精"，边循笛声来到飞船上，待船上载满小朋友后，吹笛的妖精便把飞船驶向天上。　　一日，内部战士们聚集在真琴家中，学弄曲奇饼。三时了，真琴家中的报时钟响起，一只小鸟弹出叫了三下，真琴於是对众人说起三时之妖精的

　　某日，一块神奇的结晶体现身地球，被科学家宇宙翔拾得。与此同时，露娜和亚特密斯大吵了一架之后离家出走，却因病体力不支昏倒在了路上，宇宙翔将虚弱的露娜带回了家，精心照料，露娜渐渐恢复了活力。　　让大家没有想到的是，那块神秘结晶体的本尊，竟然是想要侵略地球的月亮雪公主，现出真身之后，月亮雪公主即刻召集

　　星美丘医院的准护士山本弥生（泷本美织 饰）拥有过硬的专业技术，颇受医患双方的好评。然而弥生内心有着难以为人道的秘密，她从出生时就被父母抛弃，童年在孤儿院里长大，内心的孤独和对他人的不信任感让她被困在过去的阴影中，久久无法走出。也因此，她和同事以及病患的关系从来淡如白水，从不为谁多付出一份感情。她

　　被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。　　已经得到了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（饭冢雅弓 配

　　20世纪末，15岁的少年榊原恒一（阿部敦 配音）由于父亲前往海外公干的原因，于是来到亡母的家乡夜见山市，暂住阿姨三神怜子（宮牧美沙代 配音）家中等待转入新的学校。在此期间，他的旧病复发，入院治疗，某晚，恒一在空荡荡的走廊内邂逅一名穿着水手服、左眼戴着眼罩但阴气逼人的美少女，这似乎预示着一段不平凡