以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时

　　照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予

　　这个城市里，究竟住著什么样的宝可梦呢？　　在大都会正中央的一个屋上庭园。不经意地，朝旁边的大楼望去，就看到了可爱的皮丘兄弟。可是喜欢恶作剧的弟弟皮丘对著皮卡丘作了个鬼面，并且，就那样从楼上掉落下去了。“糟糕了！”皮卡丘赶紧要飞奔过去。可是，稍微注意一下就发现了皮卡丘所站的地方，是一个有著柱子的地

　　曾经是顶级职业杀手的托雷（近藤隆 配音），因为心爱的女人水无月沙耶（丰口惠美 配音）之死金盆洗手。如今，他只是一个默默无闻的赏金猎手，但他“不详的黑猫”的名号在黑道中依然被口口相传。在搭档史恩（藤原启治 配音）和同伴兼对手林斯雷科（野上尤加奈 配音）的帮助下，托雷的隐退生活过得平淡而充实。一次行

　　可可露（斋藤千和 配音）、伊娜（泽城美雪 配音）和爱洛朵（市原由美 配音）是相依为命的三姐妹，彼此之间的感情非常的要好。三姐妹继承了父母留下来的一间图书馆，这间图书馆名为可可露图书馆。　　可可露图书馆里非常的冷清，几乎无人问津，这让对这份职业满怀期待的可可露稍微的有些失望，但很快的，第一位客人走

　　宁静祥和的空座镇迎来金黄色的秋天，黑崎一护（森田成一 配音）和朽木露琪亚（折笠富美子 配音）刚刚处理完虚作乱的事件，镇车站旁便出现成群的欠魂。它们四处游走，任何驱逐方法都失去效力。正当他们一筹莫展之时，持有斩魂刀“弥勒丸”的死神少女茜雫突然出现，并成功驱散欠魂。露琪亚对一连串的事件颇感不安，于是

　　在负责押送尸魂界王族秘宝“王印”的途中，一股神秘力量突然袭来，十番队虽奋力反击，却终究丢掉秘宝，日番谷冬狮郎（朴璐美 配音）也在阵前莫名逃亡。不久，日番谷临阵逃脱的报告传遍尸魂界，黑崎一护（森田成一 配音）从二番队队长碎蜂口中得知始末，之后遇见并救助了体力不支倒地的日番谷，继而得知袭击护送队伍且

　　在实验室里工作的涅被像镰刀一样的东西袭击，身体产生了异变。　　涅突然像疯了似的，没有缘由地乱敲试验装置的操作盘。　　於是，一瞬间瀞灵廷被灵子云所覆盖，死神们都准备去联络涅。　　当剑八冲进涅的实验室时，发生了巨大的灵子爆炸。 然后，瀞灵廷被破坏了。　　露琪亚惊愕地在远处发现了瀞灵廷被破坏，在她面前

　　刚刚乘汽轮抵达神户港的小蝶（池玲子 饰），被女扒手好美（愛川まこと 饰）当作毒品运输人带到藏毒窝点，遭到黑社会分子的严刑拷问。千钧一发之际，从监狱出来的混混让二（内田良平 饰）解救了小蝶。小蝶旋即抓住好美，得知自己误被拷问的原因。原来码头黑帮的残党浅吉（安部撤 饰）等众，利用女扒手从横滨偷运毒品

　　祖辈相传的民俗作家一色正和（堺雅人 饰）与仰慕他的青年编辑亚纪子（高畑充希 饰）结为夫妇，新婚燕尔，夫妇俩亲昵无间，携手返回一色的出生地镰仓。回到镰仓不久，单纯的亚纪子就被眼前走过的河童小人吓了一跳。原来镰仓自古是妖气很重的一座城市，妖怪、幽灵毫无忌惮，随意现身；而当地人也见怪不怪，与异类和平相