成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

　　1998年夏季，拥有预测型未来视的女孩濑尾静音（井口裕香 配音）邂逅伽蓝之堂的黑桐干也（铃村健一 配音）。从对方口中，她了解到未来视的真相，心中的疑惑和焦虑也烟消云散，但同时也看到了干也悲剧性的未来。另一方面，拥有测定型未来视的职业炸弹狂魔仓密目琉夏，利用自己构建的未来制造一系列恐怖袭击事件，直

　　痛觉残留：经历了和职业炸弹狂魔仓密目琉夏的惨烈对决后，伤痕累累的两仪式（坂本真绫 配音）待在家中静养。适逢黑桐干也（铃村健一 配音）需外出公干，他自顾自将一只黑猫托付给两仪照看。两仪与黑猫的关系巧巧起了变化；俯瞰风景：礼园女子学院八名女孩自杀，宫月理理栖（种田梨沙 配音）凭吊自杀的好友安藤由子，

　　“黑桐，你知道吗，杀人和杀戮是不一样的。据说，人一生只能杀一个人？”　　从心底里渴望成为“特别”的存在。　　这种愿望作出了错误的选择。不，应该说是被错误引导出了这种愿望。那时候，深信这是唯一的也是最好的方法。　　这是4年前也就是1995年和她相遇时发生的事。　　次年即1996年，她陷入了沉眠。然

　　1999年2月，杀人鬼回来了！　　1995年在日本发生的连续猎奇杀人事件，因嫌疑人遇到车祸住院而草草结案。如今疯狂的犯罪再次出现，恐怖的气氛来袭，原嫌疑人的嫌疑被洗清，到底谁才是这一系列事件的凶手？　　解决都市不可思议事件的伽蓝堂的成员开始展开调查，两仪式准备以自己的匕首结束这一切。但决战之前，

　　1999年1月，黑桐鲜花所就读的高级女子中学——礼园出现了神秘的事件。一年四班的学生橘佳织在宿舍起火事件中身亡，随后，一年四班全体同学的生活改变了。每天活在痛苦与烦恼中的她们，收到了不明来源的信件。不安的情绪在礼园全体学生间蔓延。为了解决事件，两仪式假扮学生潜入礼园，与黑桐鲜花一同调查事件的原委

　　“荒耶，你在追求什么？”“真正的睿智。”“在哪里追求？”“只在自己的心里。”　　1998年11月，胭条巴遇到了两仪式并被她吸引。胭条巴每晚都做噩梦，自己犯下的罪行不断重现。两仪式为了调查事件的真相，前往胭条巴的寓所，却不知道，他们不知不觉已经进了敌人的圈套——复杂的“矛盾螺旋”。　　而在这一切的

　　1998年06月，意外事故后昏睡两年的两仪式苏醒了。　　18年的记忆没有了，两仪织的人格也代替两仪式死去了。只有名为“黑桐干也”的男子守护在自己的身边。还有眼前奇怪的现象。两仪式获得了直视万物死之线的异形之力“直死之眼”。　　黑桐干也的上司，苍崎橙子，来到医院接触两仪式，教导她“直死之眼”的使用

　　1998年7月，饮酒会归来的下雨之夜，黑桐干也收留了一位无家可归的少女。但不久，少女不辞而别，去向不明。　　与此同时，发生了连续杀人事件。死者无一例外，都是由于身体被强大的力量过渡扭曲而死。伽蓝堂开始为此展开调查。　　一步步深入的调查，犯罪者居然是当时不辞而别的少女浅上藤乃，而她的能力更是惊人的

　　1995年9月，16岁的两仪式与黑桐干也相遇了。　　男孩子气的两仪式穿着和服来到学校，特殊的她与任何人都没有交集，除了黑桐干也。二人产生了某种关联，并开始了安稳的校园生活。　　同时，街上出现了连续猎奇杀人事件。由于警察朋友的关系，黑桐了解了一些内幕，他感到这个事件与式的双重人格有某种关系。　　两