成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

　　所有武斗家最为关注的最高级别的格斗盛典“奥林匹亚武斗大会”将在天空竞技场拉开序幕，小杰（潘惠美 配音）和奇犽（伊濑茉莉也 配音）兴奋非常，坐在看台上准备为好友智喜加油鼓劲。谁知就在此时，一群神秘之人突然窜入会场，封闭大楼。炼狱（山本美月 配音）绑架了猎人协会的会长尼特罗（永井一郎 配音），饿鬼压

　　此去经年，窟卢塔族惨遭灭族的伤痛依然时时折磨着最后的遗民酷拉皮卡（泽城美雪 配音）的身心。在追寻幻影旅团的旅途中，酷拉皮卡竟意外重逢当年的本族好友Bairo，谁知却被对方夺去了号称“七大美色”之一的绯红之眼。他的遭遇经雷欧力之口，很快传到了奇犽（伊濑茉莉也 配音）和小杰（潘惠美 配音）的耳中。为

故事发生在昭和58年的一个炎热夏天，由于父母的工作调动，十六岁的少年九澄（小林优 配音）从繁华的大都市搬到了名为嫦娥街的山中小镇，一条小河将这个小镇分为了“新市街”和“旧市街”两个部分。在这里，九澄结识了新的朋友——个性积极开朗的摘花五十铃（加藤英美里 配音）和温文尔雅的大家闺秀朝雾要（渕上舞 配音

　　麦克（赫布·埃德尔曼 Herb Edelman 饰）是从美国远赴日本的推销员，他所售卖的产品是维他命。然而，销售状况似乎并不像麦克所设想的那么好，很快，麦克就花光了带去的钱，即将面临流落街头的窘境。此时，麦克遇见了善良的樱花（倍赏千惠子 饰），樱花收留了无处可去的迈克，将哥哥寅次郎（渥美清 饰）

　　这边厢，一场浪漫的婚礼让寅次郎（渥美清 饰）的终身大事再度成为了家人们关注的话题，每个人都希望善良的寅次郎能够收获幸福。那边厢，远在北海道的寅次郎邂逅了名叫伊美（桃井薰 饰）的女子，伊美遭到了坏人的骚扰，也是寅次郎挺身而出，帮助伊美赶走了坏人。　　很快，伊美和寅次郎之间就建立起了真挚的友谊，伊美

　　一天到晚做着千奇百怪的梦的阿寅，又在想象自己成了天外来客。梦醒过后，刚刚回家，就和人打起架来，气得刚出院的叔叔差点犯了病。阿寅一气之下又离开家，路上在一个小村子落了脚，结识了因失恋正在痛苦中的小伙子。小伙子听从了阿寅的规劝，并来到东京阿寅家散心。在欣赏歌舞剧时，他们被红奈奈子的精湛演技所倾倒。阿

　　今次寅次郎自告奋勇做媒人，尝试撮合戇直少年良介与纯情小姑娘幸子。“恋爱经验”丰富的寅次郎，以过来人身份指点良介，大献「追女」妙计，可惜他的办法老土到极，良介多次碰钉，最后失恋而回，在寅屋楼上企图自杀，引火自焚…… 大难不死的良介失意地返回老家长崎，谁知此时寅次郎又出现了，还邂逅了良介的失婚姊姊藤

　　满男的临时代课老师雅子来家里做家访时，阿寅刚好回来，面对年轻而美丽的雅子，阿寅一时收不住，急于表现自己，使原来准备与老师沟通的家长插不上话，伤了大家的面子。阿寅再次离开家去游荡，在长野，他和剧团的小百合等人欢聚，却因为交不上饭钱而被关进警署。待妹妹樱花赶去时，他又在请警员吃饭！　　令人哭笑不得的

　　希望经过一轮流浪生活后得到休息，寅次郎再次回到家中。寅次郎对寺山门开咖啡店的寡妇贵子迷恋，但最后寅次郎带着这份秘密感情抽身而去，再次流浪。