自上次一别已经过了八年时间，因为某件事，当年的好朋友贵田春彦（大野智 饰）、二叶廉太郎（松本润 饰）、冈野瞬（相叶雅纪 饰）和鸭川忠（樱井翔 饰）再度聚首。虽然恩田琢磨（二宫和也 饰）暂时缺席，不过并不妨碍四人坐在裸男酒馆里叙旧畅谈。留着夸张胡子的春彦娶了前女友的妈妈，头上绿帽光芒四射；忠总想给

　　明治维新时期，敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间，名人志士不断涌现：大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新时代的到来，不惜采取暗杀的手段，而绯村剑心正是众多刺客的中的一员。孤儿出身的绯村师从比古清十郎学习飞天御剑流剑法，年轻气盛的下山参战，在奇兵队中崭露头角。

　　明治十年，剑心、弥彦、阿薰、左之助一行乘火车来至横滨，甫至此地，便因与几个骚扰年轻女子的外国士兵发生争端，且因此结识了正直的武士时雨泷魁，他们很快成为好朋友。　　时政治格局仍动荡不安，诸多反抗明治的志士不断向政府机关以及外国大使馆发动袭击。而时雨正是所谓“新维新”运动的领导者，明治以前，他曾是佐

　　幕末时期，维新派在传奇的刽子手拔刀斋绯村剑心（凉风真世 配音）引退后，选出同样具有高超剑术的志志雄真实（池田政典 配音）继续着暗杀任务。在维新即将获得胜利之际，为掩盖种种不可告人的秘密，新政府密谋杀害志志雄。谁知全身遭到重度烧伤的志志雄却从地狱活转，怀着巨大的仇恨制定了“京都破坏计划”，他的手下

　　亲兄弟星野守（草彅刚 饰）和星野进（伊藤英明 饰）分任电影公司星辰映画的社长和专务。不同于蒙受婚变背负债务却还拈花惹草的弟弟，星野守极度享受个人世界所带来的舒适和自由，他甚至会边擦皮鞋边赞叹单身生活的美好，决计不踏入婚姻的坟墓。但是事与愿违，强势的姑姑接二连三为其安排相亲，甚至要挟一旦阿守当前的

　　1999年世纪末，一颗印度的核子卫星即将坠地，地球上一片恐慌，视之为世界末日的到临。住在巴黎的女子克蕾儿（Solveig Dommartin饰）在一次离开男友尤金（Sam Neill饰）的浪游中，认识疑为工业间谍的崔佛（William Hurt饰），并且深深为之着迷。一 次车祸意外中，克蕾儿认识

　　橘濑户花（土屋太凤 饰）是一名活泼可爱的高中女生，一天，她鼓足了勇气向剑道部的铃木告白，谁知道遭到了对方的拒绝。截止到目前为止，这已经是橘濑户花第12次告白失败了，百思不得其解的橘濑户花决定向铃木问个明白，才知道原来自己一直差劲到底的桃花运，和自己的哥哥橘遥（片寄凉太 饰）有关。　　一天，橘濑户

　　行驶于太平洋上的运输船海龙丸遭遇奇怪的环礁，保险公司的草薙直哉（小野寺昭 饰）和海上保安厅的米森良成（伊原剛志 饰）奉命前去调查。他们在环礁上发现了神秘的碑文和饰品，不久，环礁发生剧烈抖动，俄而竟化作一只巨龟，互相飞向空中。另一方面，位于九州的姫神岛屿大陆失去联系。鸟类学家长峰真弓（中山忍 饰）

　　卡美拉与卡欧斯决战后的冬天，北海道降下流星雨，其中一颗坠落在支笏湖南西方约一公里处，陆上自卫队第11师团随即派出化学防护小队，渡良瀬佑介二佐与花谷陆尉深入调查，发现到了是陨石坠落。　　五天后，事件的原凶开始现身，札幌市地下铁的电车在隧道内被不明生物攻击，北海道札幌市的薄野出现巨大植物，巨大植物窜

　　1999年，长峰博士在赤道附近发现了加欧斯的变异种，同时候在日本西南方的海中发现了卡美拉的墓场。　　时间回到1995年的东京，因为加欧斯来袭，比良坂绫奈一家人准备离开东京，此时卡美拉受到加欧斯的攻击而落下，在卡美拉起身时破坏了绫奈的家，而绫奈的父母来不及逃出。目睹父母身亡的绫奈，从此开始憎恨卡美